Sebagian besar keragaman eukariotik diwakili oleh protista, namun hanya beberapa sekuensing genom protista proyek yang telah diterbitkan. Urutan survey studi telah menunjukkan bahwa pendekatan gabungan menggunakan keduanya yaitu, sampling acak dari genom (GSSs) dan berhasil mengidentifikasi gen EST. Mereka mengidentifikasi 817 gen dari urutan SSU, sementara 473 gen dengan homologi dalam organisme lain yang terdeteksi di antara para urutan EST. Mereka telah mengumpulkan lebih dari dua kali GSS sebanyak urutan EST, EST sekuensing akan sedikit lebih efektif untuk gen penemuan, jika hanya jumlah yang dianggap, seperti yang diharapkan. Manfaat fungsional dari gen yang terdeteksi dalam survey EST dapat menjadi keuntungan jika untuk tujuan penelitian terutama untuk mengidentifikasi gen yang sebelumnya diidentifikasi di organisme lain menggunakan pendekatan yang sama, tetapi terbatas jika tujuan pengambilan sampel adalah keragaman gen.
Dari jurnal ini saya melihat mereka menemukan bahwa pendekatan gabungan dari keduanya, SSU dan sekuensing EST dapat berhasil dalam mendeteksi keduanya sangat meyakinkan (dan mungkin juga sering secara luas didistribusikan) gen dan satu set gen yang lebih beragam. Dalam kombinasi dengan sekuensing lengkap dari beberapa konteks, pendekatan ini efisien dalam mengungkapkan banyak tentang salmonicida S. genom. Meskipun kita bisa mengidentifikasi lebih dari 600 gen dengan fungsi beranotasi, protein hipotetis yang dilestarikan masih merupakan kategori terbesar, menunjukkan bahwa gen dengan fungsi dijelaskan hanya memberikan parsial gambar potensi pengkodean. Selain itu, 13 di antara 38 gen yang diidentifikasi dalam konteks tidak menunjukkan kesamaan sekuens dengan gen yang signifikan dalam database, dan 81% dan 45% dari SSU dan EST urutan, masing-masing, gagal untuk menunjukkan kesamaan yang signifikan untuk setiap gen yang dikenal. Hal ini menunjukkan bahwa sebagian besar dari gen dalam genom S. salmonicida kurangnya kemiripan urutan dengan gen diketahui, meskipun fakta bahwa hampir lengkap G. lamblia melengkapi gen termasuk dalam publik database. Jadi, S. Salmonicida genom memiliki signifikan, dan sebagian besar tidak diketahui potensial. Sumber
0 komentar:
Posting Komentar