NCBI

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Nah, seringkali pas dapat tugas, kita para mahasiswa mencari suatu referensi untuk dipakai dasar teori. Yang hobi ngenet pasti bakal mengandalkan Google dan Wikipedia. Apalagi yang Wikipedia itu. Saking simpelnya seringkali artikel di Wikipedia itu di-kopi-pasta.

Duh
(-...-)"
Gak jaman lagi deh kopi-pasta kayak gitu.

By the way, tahukah pembaca yang budiman darimanakah Wikipedia mendapatkan informasi-informasi (khususnya mengenai kedokteran) tersebut? Dari mana coba?
Jawabannya adalah dari JURNAL. Sementara itu, jurnal-jurnal tersebut dikoordinasi dalam suatu pusat informasi nasional yang disebut NCBI - National Center of Biotechnology Information.
NCBI ini mengoordinir banyak sekali informasi bioteknologi. Dari mulai kacang sampai manusia informasinya selalu ada! Nah, di halaman pertama website NCBI selalu ada tab 'popular resource'. Itulah tab yang berisi link-link ke jurnal-jurnal tertentu. Misalnya, ada PubMed yang merupakan surga dari jurnal kedokteran yang gratis dan biasanya ada full text-nya. Dan yang terpenting, semuanya adalah sumber yang VALID!
Kalau bingung, website NCBI selalu menyediakan site-map yang akan memperkecil lingkup bahasan yang diinginkan, entah itu genetika, kedokteran, daftar protein, dan lain-lain.
Akses ke NCBI itu sangat mudah, tinggal pergi ke:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Dan sampailah pembaca yang budiman di website NCBI! Selamat mencari-cari informasi lewat NCBI!

Sesuatu nama pasti memiliki arti, bahkan nama seekor hamster pun mempunyai arti tersendiri bagi pemiliknya. Sama halnya seperti tugas yang diberikan oleh dosen Teknologi Informasi saya tentang NCBI. Jika Inggin lebih tau tentang NCBI, nyok kita liat sama-sama.

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Para NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.

NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).sumber

Misi seorang guru, dosen dan semua sebutan bagi tenaga pelajar adalah agar seseorang yang diajar mengerti dan paham dengan apa yang kita ajarkan. Misi dari seorang dokter adalah bagaimana supaya si pasien dapat mandapatkan kondisi tubuh yang lebih baik saat si pasien telah menjalani perawatan. Nah NCBI juga punya Misi lhoo, nih misinya :

Misi kami
 Pengantar Umum
Memahami bahasa alam bisu namun elegan dari sel-sel hidup adalah pencarian biologi molekuler modern. Dari alfabet hanya empat huruf mewakili subunit kimia DNA muncul sintaks dari proses kehidupan yang paling kompleks ekspresi manusia. Mengungkap dan penggunaan "alfabet" untuk bentuk baru "kata dan frase" adalah fokus sentral dari bidang biologi molekuler. Volume mengejutkan data molekuler dan pola yang samar dan halus telah menyebabkan syarat mutlak untuk database terkomputerisasi dan alat analisis. Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit.sumber

Membuat NCBI
Senator akhir Claude Pepper mengakui pentingnya metode pengolahan informasi terkomputerisasi untuk melakukan penelitian biomedis dan undang-undang yang disponsori mendirikan Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) pada tanggal 4 November 1988, sebagai sebuah divisi dari National Library of Medicine (NLM ) di Institut Kesehatan Nasional (NIH). NLM dipilih untuk pengalaman dalam menciptakan dan memelihara database biomedis, dan karena sebagai bagian dari NIH, itu bisa membangun program penelitian intramural komputasi dalam biologi molekular. Komponen penelitian kolektif NIH membentuk fasilitas penelitian biomedis terbesar di dunia.

 Penelitian Dasar
Sebagai sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler, misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Lebih khusus, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis; mengkoordinasikan upaya-upaya untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, dan melakukan penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.
Untuk melaksanakan tanggung jawab yang beragam, NCBI:

• melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi
• mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lainnya
• mendorong komunikasi ilmiah oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah
• mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural
• melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah
• mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinat akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis
• mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, dan tata-nama biologi.sumber

KISAH DARI DISCOVERYDari urutan untuk kelangsungan hidup:Pencarian untuk Memahami Penyakit
 Biologi saat ini sedang berubah oleh ledakan pertumbuhan data yang muncul dari laboratorium di seluruh dunia. Tantangannya adalah untuk mengubah data menjadi pengetahuan, pengetahuan yang akan mengarah pada pemahaman yang lebih baik dari proses biologi yang mendasari kedua kesehatan dan penyakit. Pencarian untuk pengetahuan ini drive peneliti NCBI untuk mengembangkan metode baru untuk analisis integratif, data berbasis komputer untuk menambang dataset besar dan kompleks. Setelah dikembangkan, perangkat lunak ini kemudian dapat digunakan oleh komunitas riset untuk menjawab pertanyaan ilmiah tertentu.
Pendekatan berbasis Web NCBI untuk menyebarkan sumber daya untuk penelitian dan komunitas medis telah memungkinkan ilmuwan di seluruh dunia untuk mengintegrasikan data yang tampaknya terpisah dan untuk membentuk pandangan yang lebih bermakna biologis informasi ini, yang, pada gilirannya, dihasilkan pengetahuan baru. Ini proses multi-langkah yang terbaik diilustrasikan oleh contoh-contoh yang diuraikan di bawah.

 Dari Data dan Informasi Fakta:GenBank dan Genom Manusia
GenBank adalah database NIH dipertahankan dan didistribusikan oleh NCBI yang menyimpan semua urutan DNA yang dikenal publik. Data sekuens diajukan ke GenBank dari ilmuwan individu dari seluruh dunia, serta dari pusat-pusat besar yang terlibat dalam Proyek Genom Manusia. Jumlah urutan DNA yang tersimpan dalam database GenBank, dari semua organisme baru-baru ini mencapai ketinggian kolosal dan terus tumbuh pada tingkat yang cepat. GenBank adalah proyek kolaboratif internasional, dengan mitra yang terletak di Eropa Bioinformatics Institute di Inggris dan National Institute of Genetics di Jepang.
NCBI peneliti menggunakan data manusia yang tersimpan dalam GenBank, baik rancangan dan urutan nukleotida selesai, untuk menghasilkan perakitan genom manusia. Perakitan dan memerintahkan urutan individu adalah fase kritis dari proyek, yang melibatkan banyak langkah. Majelis-menggabungkan Diperbarui data baru, mengisi kesenjangan yang ada, dan meningkatkan akurasi keseluruhan-yang dirilis ke publik secara teratur.
NCBI peneliti juga terlibat dalam proses penting dari annotating, atau pelabelan, bidang biologis penting dari genom manusia. Proses ini mencakup penempatan yang benar dari gen manusia dikenal dalam konteks genom yang tepat mereka serta prediksi gen yang sebelumnya tak dikenal dari urutan genom. Untuk tugas pertama, mRNA dari NCBI RefSeq koleksi ditempatkan pada genom terutama oleh penyelarasan. MRNA RefSeq adalah standar referensi untuk urutan genom manusia. Untuk menghasilkan standar urutan, peneliti NCBI pertama berkolaborasi dengan organisasi eksternal untuk mengumpulkan berbagai jenis informasi. Mereka selanjutnya mengasimilasi data ini menggunakan kedua alat komputasi dan penilaian ilmiah untuk menentukan apa urutan adalah representasi yang tepat untuk gen.
OMIM adalah sebuah katalog berbasis Web yang berisi ribuan entri untuk gen dan kelainan genetik dan berfungsi sebagai pendamping fenotipik untuk Proyek Genom Manusia. Para sitogenetika OMIM dan morbid peta lokasi sitogenetika hadir untuk gen-gen dengan lokasi diterbitkan dan memberikan daftar abjad dari semua penyakit yang dijelaskan dalam OMIM.
Untuk memvalidasi temuan yang dihasilkan melalui komputer berbasis analisis komparatif, adalah penting untuk mempertimbangkan hasil-bangku basah biologi dilaporkan dalam literatur ilmiah. Oleh karena itu, integrasi data ilmiah dengan literatur merupakan langkah penting untuk menciptakan sumber daya informasi terpadu dalam ilmu kehidupan. Untuk tujuan ini, individu diberikan dengan link langsung dari OMIM untuk PubMed, literatur sistem pencarian NCBI.
PubMed menyediakan berbasis Web akses ke lebih dari 11 juta kutipan, abstrak, dan istilah pengindeksan untuk artikel jurnal dalam ilmu biomedis. Hal ini juga termasuk link ke teks lengkap jurnal. Saat ini, sekitar 20 juta pencarian dilakukan per bulan, dan sebanyak 140.000 pengguna yang berbeda mencari informasi harian melalui PubMed.
PubMed Central (PMC), sebuah arsip digital jurnal ilmu kehidupan sastra, diluncurkan pada Januari 2001 dan menawarkan model baru untuk komunikasi ilmiah elektronik dan pengambilan data. Nilai PubMed Central, di samping perannya sebagai arsip, terletak pada apa yang dapat dilakukan ketika data dari berbagai sumber disimpan dalam format umum dalam satu repositori. PMC saat ini menyediakan akses gratis dan tak terbatas pada teks lengkap dari 104 jurnal ilmu kehidupan, dengan lebih terbuka.

 Dari Fakta Pengetahuan
Setiap database yang dijelaskan di atas, dengan sendirinya, informatif dan berguna. Namun, seperti yang digambarkan, hanya setelah menjadi komponen terkait untuk membentuk sumber daya tunggal yang terintegrasi informasi yang tersimpan dalam setiap database dapat dianalisis sebagai bagian dari keseluruhan yang lebih besar. Sebagai contoh, dengan mengintegrasikan berbagai bentuk informasi relatif terhadap protein tertentu, peneliti mungkin dapat menjelaskan fungsi yang sebelumnya tidak diketahui. Tiba-tiba, langkah-langkah tertentu dalam jalur biologis yang kompleks yang belum pernah dipahami menjadi jelas. Para peneliti kemudian dapat membangun informasi ini untuk mendapatkan wawasan apa yang terjadi kacau di jalur dalam keadaan penyakit. Tujuan jangka panjang akan mencakup pengembangan diagnosis baru dan strategi pengobatan.

 Penemuan Gen Penyakit
Meskipun contoh khusus ini sangat sederhana, sumber daya terpadu dikembangkan dan disebarluaskan oleh NCBI dan Proyek Genom Manusia telah menyebabkan kemajuan ilmiah. Penemuan gen untuk nonpolyposis herediter kanker kolorektal (HNPCC) adalah salah satu contohnya.
HNPCC diyakini account untuk satu di enam dari semua kasus kanker usus besar. Meskipun kebanyakan bentuk kanker tampaknya non-warisan, ada beberapa bentuk di mana seorang individu memiliki risiko turun-temurun disebabkan gen diubah tunggal. Meskipun para ilmuwan telah mengetahui selama bertahun-tahun bahwa gen diubah adalah untuk menyalahkan untuk HNPCC, mereka memiliki sedikit petunjuk ke mana gen mungkin berada, dan menemukan hal itu membuktikan rumit. Akhirnya, dengan menggunakan berbagai alat yang muncul dari Human Genome Project, sebuah tim peneliti internasional dilacak gen ke daerah kromosom 2. Beberapa bulan kemudian, dua tim peneliti memusatkan perhatian pada pelakunya. Tiga bulan setelah itu, peneliti mengidentifikasi gen kedua pada kromosom 3 yang juga terkait dengan bentuk kanker.
Sekarang diketahui bahwa bersama-sama, mutasi dalam dua gen account untuk sebagian besar kasus HNPCC. Peneliti menggunakan informasi ini untuk mengembangkan tes darah untuk layar individu memilih untuk mutasi gen. Mendeteksi keberadaan gen bermutasi untuk HNPCC dalam keluarga memungkinkan dokter untuk menargetkan anggota keluarga mereka yang paling mungkin untuk manfaat dari pengobatan. Dengan mengidentifikasi anggota keluarga tidak terpengaruh beresiko untuk HNPCC, dokter kemudian dapat lebih dekat memantau pasien ini untuk tanda-tanda perkembangan penyakit. Anggota keluarga bertekad untuk menjadi non-operator tidak lagi harus menderita melalui pemeriksaan medis ekstensif. Yang paling penting, pasien menunjukkan tanda-tanda awal kanker dan bertekad untuk membawa mutasi gen dapat menjalani perawatan medis yang segera. Ini benar-benar kemajuan medis, karena HNPCC, ketika didiagnosis dan diobati dini, hampir 100 persen dapat disembuhkan.sumber

Nah....

gimana ???
udah agak ngerti kan, ternyata emang luas banget yahh jaringannya. Bagi yang suka nyari junal NCBI bisa jadi alternatif nih.

oke sekian rangkaian huruf saya kali ini, moga moga bisa jadi ilham buat pembaca yang budiman.
Thnx...