Bioinformatika dalam Bidang Budidaya Perairan

Assalamu'alaikum wr.wb
Selamat tahun baru 2012 pembaca yang budiman...^_^
Gimana Taun 2011 kemaren ??? Apakah semua keinginan anda terwujud semua ???
Atau gak ada yang terwujud sama sekali ? Yah emang manusaia tuh kadang membuat resolusi di taun baru hanya sekedar untuk omongn kepada orang2 di sekitarnya saja #apasihmaksudnya

Trus gimana resolusi anda di 2012, pasti sama kan kayak taun2 sebelumnya...karena manusia tuh hanya membuat resolusi tapi tidak dengan sungguh-sungguh menjalankanya...maka dari itu yok sahabat saya yang super mari kta wujudkan resolusi kita di taun 2012 ini dengan sungguh-sungguh dimuali dari yang kecil...#salamlemper


Ngomongin resolusi, saya punya resolusi di taun 2011 kemarin...pas saya liat IP saya di semester 2 saya terpukul (siapa yang mukul coba)...karna IP saya kecil (gak perlu disebutin yah berapa, *gaktega)...maka dari itu saat semua orang memiliki resolusi di taun 2011 saya pun gak mao ketinggalan (mao kemana cin...). Saya juga memiliki resolusi, yaitu salah satunya memperbaiki IP saya yang kasian itu....
#ini kok malah curcol sih...
Nah dalam rangka memperbaiki IP saya yang malang itu, semua tugas saya krjakan (walaupun gak semuanya). Termasuk tugas yang satu ini, YUP..!!! bener Tugas Teknologi Informatika #lagi...
Saya akan membahas tentang Bionformtika, sedikit informasi sebenarnya tugas tentang bioinformatika ini adalah tugas yang sama sebelumnya, tetapi karena banyak yang salah kaprah tentang temanya (termasuk saya yang saat Pak Ris memperlihatkan semua nilai mahasiswa di kelas, punya saya terdapat catetan "BUKAN ARTIKEL ILMIAH"), maka Pak Ris menyuruh kami dengan tugas yang sama...


Oke..kita mulai yah 'pasang muka serius' (>_<)
BIONFORMATIKA, sebuah nama pasti memeiliki arti (kecuali nama saya karena OFTA sebenernya bukan nama asli yang di kasih oleh orang tua saya yang tercinta, sebernya nama saya OKTA tapi karena petugas yang saat ngetik AKTE KELAHIRAN saya abis begadang dan nonton pertandingan antara Manchester United versus Persita Tangerang makanya nama saya menjadi OFTA. Gila yah, saya liat di keyboard yang saya gunakan ini, huruf 'K' sama huruf 'F' jauh lho....entah apa yang ada dibenak petugas itu sehingga salah dalam mengetik sebuah nama)
waduh sori sori kita keluar jauh dari lintasan (emang lagi balapan yak)
okee...

Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino.

Budidaya perairan (akuakultur) merupakan bentuk pemeliharaan dan penangkaran berbagai macam hewan atau tumbuhan perairan yang menggunakan air sebagai komponen pokoknya. Kegiatan-kegiatan yang umum termasuk di dalamnya adalah budidaya ikan, budidaya ikan, budidaya tiram, serat budidaya rumput laut (alga). Dengan batasan di atas, sebenarnya cakupan budidaya perairan sangat luas namun penguasaan teknologi membatasi komoditi tertentu yang dapat diterapkan. 

nah terus jadinya....

 Dewasa ini permintaan masyarakat akan komodiatas perikanan semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena masyarakat mulai menyadari akan nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan khususnya perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.

   Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

   Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.

terus contohnya...??? NIH...mamam nih...

Contoh penggunaan bioinformatika dalam budidaya perairan

ANOTASI GENOM

     Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

    Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens dna yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.

     Mikroaray elektronik tersebut akan memudahkan para peneliti dalam penelitian tentang ekspresi gen,. Program ini dapat pula menyelidiki perubahan dalam traksripsi gen selama diferensiasi gonad, pertumbuhan dan maturasi, dan metamorphosis larva selama perkembangan.

PROTEOMIK

     Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

JURNAL ini adalah salah satu contoh dari BIONFORMATIKA di BIDANG AKUAKULTUR dengan judul BREEDING PROGRAM PRODUKSI NILA KELAMIN JANTAN DI BALAI BESAR BUDIDAYA AIR TAWAR (BBAT) SUKABUMI

Dari jurnal tersebut saya dapat menyimpulkan bahwa bioinformatika dalam bidang akuakultur sangat berkembang pesat, karena ikan nila bisa dijadikan jantan semua dengan banyak cara sapertiHibridisasi, Sex Reversal dengan 17a-Methyltestosteron dan Produksi Nila Jantan YY. Pengubahan jenis kelamin nila menjadi jantan semua mempunyai alasan, mungkin salah satunya adalah kebutuhan masyarakat akan protien ikan nila, dimana semua orang pasti menginginkan mengkonsumsi sesuatu dengan ukuran besar karena ikan nila jantan berukuran besar dan memiliki daging yang banyak. Atau kebutuhan petani ikan akan ikan nila jantan yang tahan terhadap bibit penyakit dan berukuran besar.

 Gambar Ikan Nila GIFT, Nila Gesit dan GMT

Sekian dulu yah pembaca yang budiman ulasan tentang bionformatika di bidang akuakulturnya, semoga  berguna bagi pembca yang budiman khususnya pembaca budiman yang berkecimpung di dunia perikanan (bukan si Dolphino)...semoga salah satu resolusi saya yang tertinggal ini dapat terwujud dengan saya mengerjakan tugas ini...(ngetiknya dengan muka melas)...Doakan saya yah sahabat lemper...

terima kasih
#salamlemper