Sebagian besar keragaman eukariotik diwakili olehprotista, namun hanya beberapasekuensing genom protistaproyek yang telah diterbitkan. Urutan survey studi telah menunjukkanbahwa pendekatan gabungan menggunakan keduanya yaitu, sampling acak dari genom (GSSs) dan berhasilmengidentifikasi gen EST. Mereka mengidentifikasi 817gen dari urutan SSU, sementara 473 gen denganhomologi dalam organisme lain yang terdeteksi di antara paraurutan EST.Mereka telah mengumpulkan lebih dari dua kaliGSS sebanyak urutan EST, ESTsekuensing akan sedikit lebih efektif untuk gen penemuan, jikahanyajumlah yang dianggap, seperti yang diharapkan. Manfaat fungsional dari gen yang terdeteksi dalam survey EST dapat menjadi keuntungan jika untuk tujuan penelitianterutama untuk mengidentifikasi gen yang sebelumnya diidentifikasi diorganisme lain menggunakan pendekatan yang sama, tetapi terbatas jikatujuan pengambilan sampel adalah keragaman gen.
Dari jurnal ini saya melihat mereka menemukan bahwa pendekatan gabungan dari keduanya, SSU dansekuensing EST dapatberhasil dalam mendeteksi keduanya sangatmeyakinkan (dan mungkin juga sering secara luas didistribusikan)gen dan satu set gen yang lebih beragam. Dalam kombinasi dengansekuensing lengkap dari beberapa konteks, pendekatan iniefisien dalam mengungkapkan banyak tentang salmonicida S.genom. Meskipun kita bisa mengidentifikasi lebih dari 600 gendengan fungsi beranotasi, protein hipotetis yang dilestarikanmasih merupakan kategori terbesar, menunjukkanbahwa gen dengan fungsi dijelaskan hanya memberikanparsial gambar potensi pengkodean. Selain itu,13 di antara 38 gen yang diidentifikasi dalam konteks tidak menunjukkan kesamaan sekuens dengan gen yang signifikan dalamdatabase, dan 81% dan 45% dari SSU dan ESTurutan, masing-masing, gagal untuk menunjukkan kesamaan yang signifikanuntuk setiap gen yang dikenal. Hal ini menunjukkan bahwa sebagian besardari gen dalam genom S. salmonicidakurangnya kemiripan urutan dengan gen diketahui, meskipun fakta bahwa hampir lengkapG. lamblia melengkapi gen termasuk dalampublik database. Jadi, S.Salmonicidagenom memiliki signifikan,dan sebagian besar tidak diketahui potensial. Sumber
Assalamu'alaikum wr.wb
Selamat tahun baru 2012 pembaca yang budiman...^_^
Gimana Taun 2011 kemaren ??? Apakah semua keinginan anda terwujud semua ???
Atau gak ada yang terwujud sama sekali ? Yah emang manusaia tuh kadang membuat resolusi di taun baru hanya sekedar untuk omongn kepada orang2 di sekitarnya saja #apasihmaksudnya
Trus gimana resolusi anda di 2012, pasti sama kan kayak taun2 sebelumnya...karena manusia tuh hanya membuat resolusi tapi tidak dengan sungguh-sungguh menjalankanya...maka dari itu yok sahabat saya yang super mari kta wujudkan resolusi kita di taun 2012 ini dengan sungguh-sungguh dimuali dari yang kecil...#salamlemper
Ngomongin resolusi, saya punya resolusi di taun 2011 kemarin...pas saya liat IP saya di semester 2 saya terpukul (siapa yang mukul coba)...karna IP saya kecil (gak perlu disebutin yah berapa, *gaktega)...maka dari itu saat semua orang memiliki resolusi di taun 2011 saya pun gak mao ketinggalan (mao kemana cin...). Saya juga memiliki resolusi, yaitu salah satunya memperbaiki IP saya yang kasian itu.... #ini kok malah curcol sih...
Nah dalam rangka memperbaiki IP saya yang malang itu, semua tugas saya krjakan (walaupun gak semuanya). Termasuk tugas yang satu ini, YUP..!!! bener Tugas Teknologi Informatika #lagi...
Saya akan membahas tentang Bionformtika, sedikit informasi sebenarnya tugas tentang bioinformatika ini adalah tugas yang sama sebelumnya, tetapi karena banyak yang salah kaprah tentang temanya (termasuk saya yang saat Pak Ris memperlihatkan semua nilai mahasiswa di kelas, punya saya terdapat catetan "BUKAN ARTIKEL ILMIAH"), maka Pak Ris menyuruh kami dengan tugas yang sama...
Oke..kita mulai yah 'pasang muka serius' (>_<)
BIONFORMATIKA, sebuah nama pasti memeiliki arti (kecuali nama saya karena OFTA sebenernya bukan nama asli yang di kasih oleh orang tua saya yang tercinta, sebernya nama saya OKTA tapi karena petugas yang saat ngetik AKTE KELAHIRAN saya abis begadang dan nonton pertandingan antara Manchester United versus Persita Tangerang makanya nama saya menjadi OFTA. Gila yah, saya liat di keyboard yang saya gunakan ini, huruf 'K' sama huruf 'F' jauh lho....entah apa yang ada dibenak petugas itu sehingga salah dalam mengetik sebuah nama)
waduh sori sori kita keluar jauh dari lintasan (emang lagi balapan yak)
okee...
Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino.
Budidaya perairan(akuakultur) merupakan bentuk pemeliharaan dan penangkaran berbagai macam hewan atau tumbuhan perairan yang menggunakan air sebagai komponen pokoknya. Kegiatan-kegiatan yang umum termasuk di dalamnya adalah budidaya ikan, budidaya ikan, budidaya tiram, serat budidaya rumput laut (alga). Dengan batasan di atas, sebenarnya cakupan budidaya perairan sangat luas namun penguasaan teknologi membatasi komoditi tertentu yang dapat diterapkan.
nah terus jadinya....
Dewasa ini permintaan masyarakat akan komodiatas perikanan semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena masyarakat mulai menyadari akan nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan khususnya perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.
Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.
Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.
terus contohnya...??? NIH...mamam nih...
Contoh penggunaan bioinformatika dalam budidaya perairan
ANOTASI GENOM
Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Dengan menggunakan program BLAST dapat disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar benar merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.
TRANSKRIPTOMIKA
Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens dna yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
Mikroaray elektronik tersebut akan memudahkan para peneliti dalam penelitian tentang ekspresi gen,. Program ini dapat pula menyelidiki perubahan dalam traksripsi gen selama diferensiasi gonad, pertumbuhan dan maturasi, dan metamorphosis larva selama perkembangan.
PROTEOMIK
Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.
JURNAL ini adalah salah satu contoh dari BIONFORMATIKA di BIDANG AKUAKULTUR dengan judul BREEDING PROGRAM PRODUKSI NILA KELAMIN JANTAN DI BALAI BESAR BUDIDAYA AIR TAWAR (BBAT) SUKABUMI
Dari jurnal tersebut saya dapat menyimpulkan bahwa bioinformatika dalam bidang akuakultur sangat berkembang pesat, karena ikan nila bisa dijadikan jantan semua dengan banyak cara sapertiHibridisasi, Sex Reversal dengan 17a-Methyltestosteron dan Produksi Nila Jantan YY. Pengubahan jenis kelamin nila menjadi jantan semua mempunyai alasan, mungkin salah satunya adalah kebutuhan masyarakat akan protien ikan nila, dimana semua orang pasti menginginkan mengkonsumsi sesuatu dengan ukuran besar karena ikan nila jantan berukuran besar dan memiliki daging yang banyak. Atau kebutuhan petani ikan akan ikan nila jantan yang tahan terhadap bibit penyakit dan berukuran besar.
Gambar Ikan Nila GIFT, Nila Gesit dan GMT
Sekian dulu yah pembaca yang budiman ulasan tentang bionformatika di bidang akuakulturnya, semoga berguna bagi pembca yang budiman khususnya pembaca budiman yang berkecimpung di dunia perikanan (bukan si Dolphino)...semoga salah satu resolusi saya yang tertinggal ini dapat terwujud dengan saya mengerjakan tugas ini...(ngetiknya dengan muka melas)...Doakan saya yah sahabat lemper...
hai hai....
Apa kabar pembaca yang teladan ????
udah lama ya saya gak menerbitkan rangkaian huruf-huruf yang saya balut dalam sebuah paragraf....
Kabar saya alhamdulillah baik kok. (lho emang ditanya yak :p)
Kok saya sok tau ya, pembaca yang teladan nanya kabar ke saya atau enggaknya, udah macem dukun aja yang punya indera keenam. Ngomongin indera, (gak tau dia lagi ngapain sekarang, mungkin lagi bersin2 karena diomongin), tugas saya kali ini membahas tentang indera juga lho....tapi bukan indera yang sekarang lagi nongkrong sambil maen gitar dan nyanyi lagu tentang sosial di pinggir jalan. Kali ini saya membahas Sistem Informasi Geografi yang didalamnya akan membahas indera, tapi saya bukan ngebahas tentang kesehariannya indera atau kisah cintanya indera (ini apa sih, kok si indera itu mulu)...
ok kita agak mulai serius *muka serius (>o<)
Next Coursework is about Geographic Information System (GIS) a.k.a Sistem Informasi Geografi (SIG).
Dalam tugas ini, gak jauh beda ama tugas-tugas sebelumnya. Kita harus nyari jurnal terus kita Resume...(mana si indera'nya yah)....
SIG atau Penginderaan Jarak Jauh adalah sistem informasi yang digunakan untuk mengetahui seluk beluk suatu tempat atau daerah tanpa melakukan observasi atau survey ke tempat atau daerah tersebut. (tuh dia si indera'nya). Saya akan meresume jurnal yang berjudul APLIKASI SIG UNTUK MEMAHAMI FENOMENA TUTUPAN LAHAN DENGAN CITRA SATELIT. Sumber Terpecaya
Resume
Teknologi penginderaan jauh semakin hari semakin berkembang dan dapat diaplikasikan dalam beberapa bidang, karena kemampuannya untuk merekam informasi yang ada di permukaan bumi, diantaranya tumbuhan. Tumbuhan mempunyai signal spektral atau reflektansi yang unik, sehingga memungkinkan untuk dibedakan dengan fenomena lain.
Satelit NOOA menyediakan data satelit atau citra yang dapat dipergunakan untuk mengamati tingkat kehijauan tumbuhan, karena memuat beberapa channel. Pada daerah atau channel infra merah dekat (NIR) tumbuhan memberikan nilai reflektansi yang tinggi dan reflektansi akan tinggi pada bagaian sinar tampak (visible). Perbandingan kedua channel di atas dinyatakan dengan NDVI sebagai indikator tingkat kehijauan tumbuhan.
Karakterisitik tumbuhan secara seasonal, seperti perkembangan dan penurunan tingkat kehijauan, erat kaitannya dengan karakteristik atmosfer, seperti curah hujan, suhu dan sebagainya. Perubahan - perubahan dalam fenomena diatas merupakan indikator penting dalam mengamati perubahan lingkungan atau iklim.
Waktu dan progresif dari perkem- bangan tanaman bisa memberikan informasi yang membantu para peneliti memper- kirakan kesimpulan tentang kondisi tanaman dan lingkungannya, seperti temperatur, curah hujan dan sebagainya.
Belakangan ini, keberadaan datam satelit secara global dengan siklus harian telah tersedia, sehingga bisa menguji dan memonitor masa pertumbuhan (growing season) pada daerah yang luas.
Data indeks kehijauan tumbuhan atau Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) yang dihasilkan dari sensor satelit National Oceanic and Atmospheric Administration’s (NOAA), Advanced Very High Resolution Radiometer (AVHRR) memberikan alternatif secara obyektif untuk mengevaluasi tanggapan (response) tumbuhan pada daerah tutupan lahan dan mengkaji keanekaragamannya pada daerah geografi yang luas.
Growing season adalah merupakan masa pertumbuhan dari tanaman. Sulit untuk menentukan secara obyektif waktu pertumbuhan absolut bagi tumbuhan di suatu daerah berdasarkan penelitian satelit (5). Akan tetapi, penelitian tumbuhan dengan aplikasi teknologi penginderaan jauh yang memanfaatkan data satelit pada cakupan daerah yang luas, bersifat harian, biaya murah dan waktu yang relatif singkat,b memberikan keuntungan yang signifikan.
Daerah penelitian ini mencakup pada kisaran koordinat 25º Lintang Utara sampai 15º Lintang Selatan dan koordinat bujur 90º Bujur Timur sampai 140º Bujur Timur yang meliputi daerah Asia Tenggara, sebagian kecil Asia Timur (Cina Selatan, Taiwan), sebagian kecil Asia Selatan (India selatan, Bangladesh), dan Australia bagian utara.
Pemilihan daerah penelitian tersebut diatas berdasarkan pertimbangan :
ØBentuk dan ukurannya sesuai dengan resolusi 1km x 1km dari data satelit AVHRR-NOAA.
ØDaerah Asia Tenggara dijumpai dalam basis data yang dibuat oleh instrument AVHRR.
Pada tahapan ini, data satelit AVHRR- NOAA diimpor dan diresampel menggunakan aplikasi penginderaan jauh (inderaja) dan teknologi Sistem Informasi Geografi (SIG). Perhitungan NDVI sebagai indikator dari respon tumbuhan dihitung dengan menggunakan rumus :
Dimana Ch1 menyatakan channel 1 dengan band nampak (0.58-0.68 μm) dan Ch2 mengekspresikan channel 2 dengan band infra merah dekat (0.72–1.10μm). Keduachannel diatas sebagai indicator yang sensitif dari keberadaan dan kondisi dari tumbuhan. Selanjutnya proses overlay dilakukan untuk menghasilkan 36scene yang representatif untuk proses selanjutnya.
Akan tetapi, hasil perhitungan NDVI diatas belum bisa digunakan secara langsung karena sifat dataset yang sangat berawan. Efek dari atmosfir dan awan ini mempengaruhi nilai dari NDVI sehingga menghasilkan anomali-anomali. Untuk mengoreksi NDVI atau mereduksi efek tersebut dipakai medode BISE (Best Index Slope Extraction) yang diketemukan oleh Viovy et al, 1992 dengan sedikit modifikasi dari Teguh Prayogo (4).
Rumus dan kondisi NDVIratio diatas telah diaplikasikan pada data NDVI yang dihasilkan dari sensor satelit NOAA-AVHRR yang meliputi daerah Asia Tenggara. Pertama-tama, dengan memanfaatkan teknologi Sistem Informasi Geografi (SIG), Ekosistem Global Olson diklasifikasikan kembali ke dalam kelompok tutupan lahan lebih kasar (pengelompokannya menjadi lebih kecil). Kedua, menerapkan salah satu dari tutupan lahan utama (rumput) sebagai kunci atau parameter untuk menentukan aspek waktu pertumbuhan (growing season) pada daerah penelitian.
Pemilihan tutupan lahan rumput sebagai kunci atau parameter dalam penelitian ini adalah karena rumput dapat dipahami bahwa tanggapan (response) yang cepat dari tutupan lahan tersebut terhadap faktor-faktor lingkungan, seperti panjangnya siang, dan temperatur tanah. Tutupan lahan rumput sering terdiri dari beberapa spesies yang menempati bagian yang berbeda-beda dari growing season (5). Masa pertumbuhan secara nyata terjadi ketika spesies yang pertama tumbuh, kemudian terus tumbuh sampai akhirnya terjadi kekeringan yang menyebabkan berakhirnya masa pertumbuhan.
Selanjutnya, dengan mengaplikasi teknologi Sistem Informasi Geografis (SIG), nilai NDVI tutupan lahan rumput (grassland) dari masing-masing image (scene) diekstrak dan dirata-rata untuk mendapatkan nilai rata- rata NDVI darigrassland, sehingga menghasilkan 36 nilai NDVI rata-rata untuk tiap 10 harian. Caranya adalah dengan meng-overlay-kan image ekosistem global Olson dan image NDVI 10 harian selama kurun waktu Mei 1997 sampai dengan April 1998. Nilai-nilai NDVI tersebut kemudian dipakai dalam rumus NDVIratio diatas (rumus White), sehingga dihasilkan suatu hargathreshold NDVI untuk growing season.
Dengan menggunakan NDVIratio bernilai 0.5, maka dengan sukses dihasilkan nilai threshold NDVI dari growing season adalah sekitar 0.105 dan threshold tersebut kemudian diaplikasikan untuk semua tutupan lahan pada daerah penelitian.
Kesimpulan
Teknologi penginderaan jauh memungkinkan untuk menyediakan data satelit, seperti AVHRR-NOAA yang dapat dipergunakan untuk memantau tingkat kehijauan suatu tumbuhan dan selanjutnya dapat digunakan untuk mengetahui kapan tumbuhan tersebut pada daerah penelitian mulai tumbuh.
Berdasarkan hasil perhitungan dan mengaplikasikan teknologi Sistem Informasi Geografis (SIG), maka didapatkan bahwa threshold untukgrowing season pada tutupan lahan di daerah penelitian (Asia Tenggara) selama kurun waktu Mei 1997 sampai April 1998 adalah 1.105. Nilai threshold 1.105 ini sebagai indikasi permulaan dari tingkat kehijauan tumbuhan atau dengan kata lain nilai NDVI e” 1.105 sebagai daerah growing season. Sebaliknya, nilai NDVI d” 1.105 sebagai akhir dari growing season.
Gimana pembaca yang teladan ???
Udah tau si indera'nya ???
atau malah udah tukeran PIN dan folback"an ama indera....????
yah mungkin inilah hasil Resume'an saya tentang jurnal APLIKASI SIG UNTUK MEMAHAMI FENOMENA TUTUPAN LAHAN DENGAN CITRA SATELIT, semoga bisa menjadi hal yang paling berguna buat para pembaca yang teladan, ntah kapan bergunaya ^^.
Sekian dulu yah balutan kata yang saya tumpahkan dalam kertas elektronik saya ini, Thx...
